想要追溯《半条命2》的历史，还要从Combine对Xen的进攻说起。Xen是一个群居的星球，居住着多种族的生物。包括野蛮的Headcrab, Houndeye和Bullsquid，奴性很强的Vortigaunt, Controller和 Alien Grunt，Vortigaunt族等。不过总体来讲Xen上的大部分生物性格趋于温和，伤害性都很低。想必在玩《半条命2》的时候，大家都见过这些生物吧。

　　Combine是外形比较像虫子，并具有高级智商和寄生本领的生物。玩过《半条命2》的玩家可以在游戏中见到它两次，在坐棺材时下面的传送带上，以及追Breen博士时的屏幕上都能见到这个丑陋的家伙。游戏中多数和玩家交手的只是被它们寄生的人类。

　　Combine帝国大概在1995年的时候，入侵并控制了Xen星球，最终使Xen上的大多数生物沦为奴隶种族。同时，Combine还利用他们的先进文明消灭了Xenians。并靠发达科技与Xen上被称为Vortigaunts的优势人种杂交制造出一种名为“Super soldier”的超级士兵。这些Super soldier不但能够适应Xen星球的恶劣环境而且也能熟知Combine强大的科学技术。因此他们有效的掌控了整个星球。Combine后来甚至还贿赂和改造了一些种族来作为星球的所谓领袖，依靠他们怂恿其它生物迎合Combine的需求。这些所谓的领导人在Xen被称为Nihilanth。

　　同期的地球，Gordon正在麻省理工大学攻读博士学位。而在Black Mesa黑山研究所，一个名为“心灵传输”的实验，在研究员Eli Vance和Dr.Kleiner的监督下也在进行中。黑山研究所是“层叠共振实验”的基地，通过“心灵传输”的技术，人类意外发现了与我们相邻的一个世界，也就是刚才提到的Xen。

　　2000年发生了著名的黑山事件。为了将试验进行到底，Xen很自然的成为了一个中间站，一些勘探小组被送往这个世界采集实验所需样本。然而，科学家们背弃了所谓的社会道德，进一步对样本进行决定性的测试。他们放弃了先前以Xen为中心的研究计划，并切断了与勘探小组的联系。Gordon’s Sponsor，这个神秘的人物似乎已预见到未来事件的发生，于是他引导Gordon穿着HEV进入了实验室。当Freeman将样本推入光波的一瞬间，层叠共振发生。科学家们过度地对样本进行决定性实验，导致了地球与Xen两个空间的合并，大量的外层空间生物闯入了这个混合体之中。

　　黑山事件之后，地球上随处可见外空间生物。原先用于测试的实验室已经变成了心灵传输的中心，并缓慢的向外界发送一种波。这些波不断的向外延伸，并逐渐吞没了整个地球。尽管最后黑山研究所被摧毁，但灾难已经发生，外层空间的生物开始侵略地球，《半条命1》的情节开始。一代讲述的就是Gordon Freeman杀死Nihilanth从Combine手中解放Xen的故事。游戏的结尾，Gordon’s Sponsor把Gordon放入了“Slow-time-warp”，打算等危机出现时再次将Gordon唤醒。

　　Gordon Freema从Combine手中解放了Xen引起了Combine的注意并了解到了地球的存在。Combine考虑到，既然人类能够接管一个在它们控制之下的世界，那么人类必然会对他们的存在构成威胁。于是Combine决定抢先向地球发动战争。Combine找到了Gordon Freeman在Xen上传送的入口，这让Combine入侵地球的计划变得水到渠成。

　　2002年，在Combine严密监控的地球，危机无处不在。地球上随处都可以见到“心灵传输”，大量属于Xen的生物被送往地球的各个角落，大肆的屠杀让人类文明荡然无存，战争所波及的地方全部变成了废墟，地球处于一片混乱。人类开始往城市中寻求更好的避难所，许多难以顾及的地区，比如乡村和郊外都被人类放弃。巨大的人流逃亡到有军队保护和铁丝围绕的城市当中，17号城就是一个这样的城市。在城市中，人们的生活恢复到从前，这些城市也给人们带来了安全感。而这些城市之外的世界饱受外星生物的侵蚀。

　　2004年，Combine入侵地球计划实施。Combine通过Xen和地球之间的时空门大举入侵，他们以17号城为根据地，通过先前在Xen身上实验成功的技术制造了一种与人类优势人种的DNA结合的新生物“Super-Army”。Super-Army的进攻让人类陷入惊恐。人们看到城市的中心在塌陷，形成一个个巨大的深渊，而就在这些深渊中，要塞一一出现。一眨眼的功夫，Combine的力量便从要塞中疯狂倾泻出来，涌向了城市的每个角落。地球的防御力量很快就被淹没在这片洪流中，这场战争，就是《半条命2》中提到的“七小时战役”。防御系统全面瘫痪后，虽然人类动用了核武器去对付这个新的威胁，不过仍然无济于事。在这个突然出现的强大力量面前，任何抵抗都显得毫无意义。

　　七小时战役之后，Breen博士，这位看上去稳重、优雅的长者，黑山研究所的总负责人，宣布了人类投降的决定。他在混乱中趁机夺取了政权，说服人类向Combine投降并归于Combine的领导。在没有其他选择的情况下，人类只好妥协。于是Breen博士开始代表Combine向人们讲话，并得以分到一些权力。“我们应该感谢我们的恩人(Combine)，是我们的恩人(Combine)为我们提供了17号城这个剩下的最好的城市，17号城市正在成为我们真正的家园，这里永远都是最安全的地方”这样的屁话Breen博士无时无刻不在人们面前宣扬。既然人类已经投降，Combine便把注意力转向了地球。他们通过“空气交换程序”将地球上的大气全换成了人类几乎不能吸入的新型气体。然后又设立了Supression Field法规来防止人类繁殖。这样地球上将不会有新的人类生命诞生。最后，他们还在人们喝的水中放入一些物质使人们渐渐地忘记过去，以便人们更易于向Breen和自己屈从。Combine还想抽干地球上的海洋，海洋干涸，人类越来越难以生存下去。Freeman就出现在这么一个绝望而混乱的情形中，他是人类企图摆脱Combine控制的唯一希望。

　　不过Combine对地球的侵略也招来了来自Xenian上怪兽的不满。Combine在不断压迫着人类的同时，也在努力驱除着Ant Lion以及其他来自Xen的生物。其中就有自由了的Vortigaunts打算与地球反抗力量结成同盟准备向Combine复仇。而那些低智商的Headcrabs等种族却只知道傻傻的攻击他们所能发现的一切东西。Combine与Ant Lion之间的大部分战争发生在城市边缘抑或是某些废弃的建筑里。这时的人们大都集中在城市中心，这样可以免予受到战争的波及。地球上的边缘地带，聚集着大量Headcrab和 Zombie。反抗力量出现在这些危险地带，这些Combine相对难控制的区域。

　　2010年反Combine联盟的行动开始。一小部分人建立了一个地下反抗组织，企图使人类最终摆脱Combine的控制。这个组织中有Eli Vance博士，他的女儿Alyx Vance，Judith Mossman博士，Isaac Kleiner博士和Barney Calhoun。Eli Vance博士是黑山研究所的一名科学家，他在黑山事故中失去了左腿。Mossman博士也在研究所工作。Kleiner博士是Freeman在MIT的担保人并在后来把Freeman带到研究所工作。Eli实验室提供的技术支持对反抗联盟的斗争起到了决定性作用。反抗组织成员在使用了Eli's实验室提供的技术之后显得更加神勇，最终掀起了一场彻底的革命。成员们已经开始公开对抗Combine的势力。反抗组织对于Combine的每一步行动都有与之相应的对策，这些对策起到了相当好的效果。于是反抗力量迅速展开并扩大到整个城市，所到之处敌人被消灭得一干二净。这期间，Freeman被打上了“救世主”的烙印。而来自Xen的生物Vortigaunts也成了反抗组织的新成员。

　　到此《半条命2》的序幕终于拉开。Freeman被唤醒，并接受了一个衣冠整齐的神秘人物G-MAN派给他的新工作。很多人认为G-MAN是一个属于“星际反抗Combine同盟”的外星人(只是以人类形态出现)，“星际反抗同盟”是一个在《HALF-LIFE1》之前就早已存在的组织。这个反抗同盟具有不可思议的科技使G-MAN具有控制时空的力量。G-MAN通过The Resonance cascade事件引诱Combine来到地球。他利用地球作为战场来把Combine从其他我们不了解的事件中转移过来。

　　接下来Freeman潜入17号城，刚一出现，就被Wallace Breen列入首要追捕及处死名单内。Gordon躲避着追捕逃到了Nova Prospekt，这里有大批忠实的Combine反抗者，且比起以往那些反抗组织要大得多。此时Wallace Breen和Combine Overwatch正疯狂的镇压在混乱的17号都市中不断蔓延的暴动。Combine的军队遍步街头。G-MAN预见到Gordon将经历的冒险，在需要的时候不断协助Gordon。最终Freeman出色完成了任务，摧毁掉Combine在地球上的根据地17号城。完成任务的过程就是整个《半条命2》的剧情。Freeman的成功，让Combine知道了人类同样拥有向强大帝国抗征的力量，Combine并不是不可战胜的，人类再一次重新获得自由……

　　虽然游戏的最后并没有明确交代出Combine最后的下场如何，但是随着根据地的陨落，所有的指挥和增援都停止，想必消灭地球上剩余的Combine军队只是时间问题。我们的Freeman还会回到“Slow-time-warp”中，等待他的下一个任务。不过大家不要忘了，远在星外的Combine仍然存在，他们在其他空间和星球还有更多的军队，Combine不会就此罢休，扩张也不可能停止，新的危机即将出现……